Dari Arena Halaqah Ulama NU, Dr H Maratua Simanjuntak : Mustafa Husein Pendiri NU di Sumatera Utara

V. Wafat
Pada malam Rabu 5 November 1955, Syekh Mustafa Husein jatuh sakit pada saat itu usianya 65 tahun. Hingga kemudian dibawa ke Padangsidimpuan untuk dirujuk ke rumah sakit. Di Padangsidimpuan sebelum dibawa ke rumah sakit, beliau dibawa ke rumah menantunya yakni Syekh Ja'far Abdul Wahab yang dikenal dengan "Ayah Mesir", dalam pengawasan dokter. Darah tinggi dan diabetes adalah yang menjadi penyakitnya selama sekitar satu minggu.

Ulama bersahaja tersebut menghembuskan napas terakhir pada Rabu,16 November 1955/1 Rabiul Awal 1375 H, pukul 16:15 WIB di Padangsidimpuan usia 69 tahun. Jenazahnya dibawa kembali ke Purba Baru pada esoknya hari Kamis. Dengan iringan yang cukup ramai disertai sambutan penuh haru dan rasa pilu yang mendalam. Desa Purba Baru penuh sesak oleh ribuan orang pelayat yang datang dari berbagai daerah sebagai tanda turun berduka dan untuk memberikan penghormatan terkahir.